তবে ফিঙ্গারপ্রিন্ট নিয়ে অনেকেরই অনেক সময় সমস্যায় পড়তে হয়। যেমন–কোনো কাজ করার সময় যদি হাত অপরিষ্কার, ভেজা বা ধুলোবালি থাকে, সেক্ষেত্রে ফিঙ্গারপ্রিন্ট দেয়াটা কষ্টকর। এছাড়া বিভিন্নভাবে যাদের আঙ্গুলে ক্ষয় হয়েছে অর্থাৎ ছাপ অস্পষ্ট তারাও সমাধানের উপায় খুঁজছেন।
আরো অনেক রকমের সমস্যা আছে। এখানে ২ পদ্ধতিতে সমাধানের উপায় তুলে ধরা হয়েছে।
১. মাঝখানের আঙ্গুলের ছাপ ব্যবহার করুন: সাধারণত আমাদের হাতের মাঝখানের আঙ্গুলটা (মধ্যমা) কম ব্যবহার হয়। বৃদ্ধাঙ্গুলি ও তর্জনী এই দুই আঙ্গুল কাজে-কর্মে বেশি ব্যবহার হওয়ায় ক্ষয় হওয়ার পাশাপাশি অনেক সময় অপরিচ্ছন্নও থাকে। বিশেষকরে যারা টেকনিশিয়ান বা এ ধরনের কাজ করেন, তাদের ক্ষেত্রে এমনটি বেশি হয়। তাই তাদের ক্ষেত্রে বৃদ্ধাঙ্গুলি ও তর্জনীর তুলনায় মধ্যমার ছাপ ফিঙ্গারপ্রিন্ট হিসেবে ব্যবহার করাই সবচেয়ে ভালো উপায়।
২. আঙ্গুলের পাশ ব্যবহার করুন: আমরা ডিভাইসে প্রথমে ফিঙ্গারপ্রিন্ট সেট করার সময় পুরো আঙ্গুলের ছাপ দিই। পরে প্রতিবার লক খোলার সময় স্বভাবসুলভভাবে আঙ্গুলের ছাপের অংশের মাঝখানটা ব্যবহার করি। চাইলে আঙ্গুলের ছাপের কোনো পাশ ব্যবহারের অভ্যাস করতে পারি। এর ফলে আঙ্গুলের মূল অংশ ক্ষত থাকলেও ফিঙ্গারপ্রিন্ট কাজ করবে এবং বার বার মূল অংশ ব্যবহার না করায় আবার নতুন করে ক্ষয়ও হবে না।