শুক্রবার (১৮ সেপ্টেম্বর) সন্ধ্যায় রাজধানীর আজগর আলী হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় শেষ নিঃশ্বাস ত্যাগ করেন তিনি।
চট্টগ্রাম মেডিকেল কলেজ (চমেক) হাসপাতালের আইসিইউতে চিকিৎসাধীন থাকা আল্লামা আহমদ শফীর শারীরিক অবস্থার অবনতি হলে বিকেলে তাকে ঢাকায় এনে আজগর আলী হাসপাতালে ভর্তি করা হয়। এরপরই তিনি মৃত্যুর কোলে ঢলে পড়েন।
শতবর্ষী আল্লামা আহমদ শফী দীর্ঘদিন যাবৎ বার্ধক্যজনিত দুর্বলতার পাশাপাশি ডায়াবেটিস, উচ্চ রক্তচাপ ও শ্বাসকষ্টে ভুগছিলেন। অসুস্থতার কারণে এর আগেও দফায় দফায় তাকে হাসপাতালে ভর্তি করিয়ে চিকিৎসা দেয়া হয়েছিল।