তিনি ১৯৮৮ সালে সিনিয়র অফিসার হিসেবে জনতা ব্যাংকে যোগদান করেন। দীর্ঘ ৩৩ বছরের চাকরিকালে তিনি ব্যাংকের প্রধান কার্যালয়সহ বিভিন্ন শাখায় গুরুত্বপূর্ন পদে দায়িত্ব পালন করেন। জিএম হিসেবে যোগদানের পূর্বে তিনি প্রধান কার্যালয়ের কোম্পানি এ্যাফেয়ার্স ডিপার্টমেন্টে ডিজিএম হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।
মো. হাবিবুর রহমান ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের লোকপ্রশাসন বিভাগ হতে স্নাতকসহ স্নাতকোত্তর ডিগ্রি অর্জন করেন। তিনি দেশে-বিদেশে অনুষ্ঠিত বিভিন্ন প্রশিক্ষণ, কর্মশালা ও সেমিনারে অংশগ্রহণ করেন। কিশোরগঞ্জ জেলার ভৈরব থানার চন্ডীবের গ্রামে এক সম্ভ্রান্ত মুসলিম পরিবারে তিনি জন্মগ্রহণ করেন।