২০০৪ সালের ২৭ ফেব্রুয়ারি অমর একুশে বইমেলা থেকে বাসায় ফেরার পথে বাংলাদেশ পরমাণু শক্তি কমিশনের সামনে সন্ত্রাসী হামলার শিকার হন হুমায়ুন আজাদ। তাকে চাপাতি ও কুড়াল দিয়ে কুপিয়ে গুরুতর জখম করা হয়। ঘটনার পরদিন তার ভাই মঞ্জুর কবির রাজধানীর রমনা থানায় একটি হত্যাচেষ্টার মামলা করেন।
ওই হামলার পর ২২ দিন রাজধানীর সম্মিলিত সামরিক হাসপাতালে (সিএমএইচ) এবং ৪৮ দিন থাইল্যান্ডে চিকিৎসাধীন ছিলেন হুমায়ুন আজাদ। পরে জার্মানির মিউনিখে চিকিৎসাধীন অবস্থায় ওই বছরের ১২ আগস্ট মারা যান তিনি। তার মৃত্যুর পর মামলাটি হত্যা মামলায় রূপান্তর হয়।
২০১২ সালের ৩০ এপ্রিল সিআইডির পরিদর্শক লুৎফর রহমান পাঁচজনকে অভিযুক্ত করে হত্যা এবং বিস্ফোরক দ্রব্য আইনের মামলায় আদালতে অভিযোগপত্র দাখিল করেন।
মামলার আসামিরা হলেন- জেএমবির শুরা সদস্য মিজানুর রহমান ওরফে মিনহাজ ওরফে শফিক, আনোয়ার আলম ওরফে ভাগিনা শহিদ, সালেহীন ওরফে সালাহউদ্দিন, হাফিজ মাহমুদ ও নূর মোহাম্মদ ওরফে সাবু। আসামিদের মধ্যে মিনহাজ ও আনোয়ার কারাগারে। সালাহউদ্দিন ও নূর মোহাম্মদ পলাতক। এছাড়া হাফিজ মারা গেছেন।
এ মামলায় জেএমবির শুরা সদস্য মিজানুর রহমান ওরফে মিনহাজ ওরফে শফিক ও আনোয়ার আলম ওরফে ভাগিনা শহিদ আদালতে স্বীকারোক্তিমূলক জবানবন্দি দিয়েছেন। হত্যা মামলায় ৫৮ সাক্ষীর মধ্যে তদন্ত কর্মকর্তাসহ ৪১ জন সাক্ষ্য দেন।